В состав института входят четыре кафедры, две из которых в настоящее время являются выпускающими:

Кафедра "Алгебра и геометрия" (АиГ)

Кафедра "Общая и прикладная физика" (ОиПФ)

Кафедра "Физика и прикладная математика" (ФиПМ)

• бакалавриат "Прикладная математика и информатика"
• бакалавриат "Математическое обеспечение и администрирование информационных систем"
• бакалавриат "Фундаментальные информатика и информационные технологии"
• бакалавриат "Лазерная техника и лазерные технологии"
• бакалавриат "Нанотехнологии и микросистемная техника"
• магистратура "Прикладная математика и информатика"
• магистратура "Лазерная техника и лазерные технологии"
• магистратура "Нанотехнологии и микросистемная техника"

Кафедра "Функциональный анализ и его приложения" (ФАиП)

• бакалавриат "Математика и компьютерные науки" (по ФГОС)
• магистратура "Математика и компьютерные науки" (по ФГОС)